Το Αγαθονήσι λαμβάνει δυναμική υποστήριξη από το Υπουργείο Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής μέσω της Γενικής Γραμματείας Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής.
Την περασμένη Δευτέρα, 5 Αυγούστου, επισκέφθηκε το Αγαθονήσι ο Γενικός Γραμματέας Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής, κ. Μανώλης Κουτουλάκης. Πρόκειται για την 10η φορά που ο κ. Κουτουλάκης επισκέπτεται το νησί, επιβεβαιώνοντας τη δέσμευση της κυβέρνησης να αντιμετωπίσει τα προβλήματα των απομακρυσμένων νησιών και να προωθήσει την ανάπτυξη μέσω στοχευμένων επενδύσεων στις απαραίτητες υποδομές.
Κατά την επίσκεψή του, ο κ. Κουτουλάκης είχε συνάντηση με τη Δημοτική Αρχή και ενημέρωσε τους κατοίκους σχετικά με τη χρηματοδότηση του λιμανιού, την πρόοδο του Λιμενικού καταφυγίου στο Καθολικό και τον εκσυγχρονισμό των υποδομών ύδρευσης.
Το πιο σημαντικό έργο αυτή τη στιγμή είναι η επέκταση του λιμανιού για να μπορέσει μελλοντικά να πιάσουν και μεγαλύτερα πλοία, καθώς και η προστασία του ελλιμενισμού σκαφών για αλιεία, αλλά και για τα ιστιοπλοϊκά.
Αν και διοικητικά το Αγαθονήσι ανήκει στα Δωδεκάνησα, λειτουργικά και οικονομικά συνδέεται στενά με τη Σάμο, γεγονός που αναδεικνύει τη γεωγραφική και αναπτυξιακή του σημασία για την ευρύτερη περιοχή.